Die Gremien des ZDS sind:
- Präsidium
- Verwaltungsrat
- Sozialpolitischer Ausschuss
- Mitgliederversammlung.
Präsidium
Das Präsidium des ZDS besteht aus der Präsidentin und dem stellvertretenden Präsidenten sowie aus drei weiteren Mitgliedern. Die Mitgliedsunternehmen des ZDS eines jeden Küstenlandes sind mit jeweils einem Mitglied im Präsidium des ZDS vertreten.

Prof. Dr. Sebastian Jürgens
Präsident
Lübecker Hafen-Gesellschaft mbH

Matthias Magnor
Vizepräsident
BLG LOGISTICS GROUP AG & Co. KG

Jeroen Eijsink
Präsidiumsmitglied
Hamburger Hafen und Logistik AG

Jan Müller
Präsidiumsmitglied
J. MÜLLER SE

Jens Aurel Scharner
Präsidiumsmitglied
Rostock Port GmbH
Verwaltungsrat
Der Verwaltungsrat des ZDS besteht aus 25 Mitgliedern. Die Mitglieder des ZDS eines jeden Küstenlandes entsenden je fünf Mitglieder und stellvertretende Mitglieder in den Verwaltungsrat des ZDS.
| Mitglied Bremen | Stellv. Mitglied |
| Matthias Magnor, BLG LOGISTICS GROUP AG & Co. KG | Robert Howe, bremenports GmbH & Co. KG |
| Jan-Dirk Brüggemann, Hermann Runge GmbH | N.N. |
| Michael Blach, EUROGATE GmbH & Co. KGaA, KG | Inga Wolniczak, Unternehmensverband Bremische Häfen e. V. |
| Stefan Nousch, Atlantik Hafenbetriebe Geuther & Schnitger GmbH | Stefan Schultze, Hafenstauerei Kpt. Wilhelm Schultze GmbH & Co. |
| N. N. | Marc Dieterich, EUROGATE GmbH & Co. KGaA, KG |
| Hamburg | |
| Rainer Fabian, H.D. Cotterell GmbH & Co.KG | Peter Lindenau, Petersen & Alpers GmbH & Co. KG |
| Jeroen Eijsink, Hamburger Hafen und Logistik AG | Mathias Dylewitz, HLG Hamburger Lasch GmbH & Co. KG und Carl Tiedemann GmbH & Co. KG |
| Ben David Thurnwald, Hansaport Hafenbetriebsgesellschaft mbH | Susanne Neiro, K+S Minerals & Agriculture GmbH |
| Norman Zurke, Unternehmensverband Hafen Hamburg e.V. | Ina Illing, Unternehmensverband Hafen Hamburg e.V. |
| Annette Walter, Hamburger Hafen und Logistik AG | Arne Möller, C. Steinweg (Süd-West-Terminal) GmbH & Co. KG |
| Mecklenburg-Vorpommern | |
| Michael Kremp, Seehafen Wismar GmbH | N. N. |
| Dr. Gernot Tesch, ROSTOCK PORT GMBH | Götz Strahl, ROSTOCK PORT GmbH |
| Sören Jurrat, SWS Seehafen Strahlsund GmbH | Steffen Klar, SWS Seehafen Strahlsund GmbH |
| Niedersachsen | |
| Michael de Reese, Rhenus Midgard GmbH & Co. KG | Uwe Oppitz, Rhenus Midgard GmbH & Co. KG |
| Jan Müller J. MÜLLER SE | Manuela Drews, J. MÜLLER SE |
| Arne Ehlers, Blue Water BREB GmbH | Claudius Schuhmacher, Rhenus Cuxport GmbH |
| Dirk Krauß, EVAG Emder Verkehrs und Automotive Gesellschaft mbH | Jörg Tuitjer, EVAG Emder Verkehrs und Automotive Gesellschaft mbH |
| Holger Bomm, EUROGATE Container Terminal Wilhelmshaven GmbH & Co. KG | Holger Banik, JadeWeserPort Realisierungs-Gesellschaft mbH & Co. KG |
| Schleswig-Holstein | |
| Prof. Dr. Sebastian Jürgens, Lübecker Hafen-Gesellschaft mbH | Timo Beyer, Lübecker Hafen-Gesellschaft mbH |
| Frank Schnabel, Brunsbüttel Ports GmbH | Hans-Helmut Schramm, Brunsbüttel Ports GmbH |
| Dr. Dirk Claus, Seehafen Kiel GmbH & Co. KG | Jens B. Knudsen, Sartori & Berger GmbH & Co. KG |
| Frank Schnabel, Rendsburg Port GmbH | Sven Hargens, Rendsburg Port GmbH |
| N.N. | N.N. |
Sozialpolitischer Ausschuss
Dem Sozialpolitischen Ausschuss des ZDS obliegt die Führung von Tarifvertragsverhandlungen und der Abschluss von Tarifverträgen.

Torben Seebold,
Vorsitzender
Hamburger Hafen und Logistik AG
| Mitglied Bremen | Stellv. Mitglied |
| Ulrike Riedel, BLG LOGISTICS GROUP AG & Co. KG | Inga Wolniczak, Unternehmensverband Bremische Häfen e.V. |
| Jan Dirk Brüggemann Hermann Runge GmbH | Marcus Bergmann, Gesamthafenbetrieb im Lande Bremen e.V. |
| Heiko Bukowski, NTB North Sea Terminal Bremerhaven GmbH & Co. | Jan Bellendorf BLG AutoTerminal Bremerhaven GmbH & Co. KG |
| Christian Lankenau, EUROGATE GmbH & CO. KGaA, KG | Marc Dieterich, EUROGATE GmbH & Co. KGaA, KG |
| Stefan Schultze, Hafenstauerei Kpt. Wilhelm Schultze GmbH & Co. | Thorben Kolk, BLG Cargo Logistics GmbH |
| Hamburg | |
| Torben Seebold (Vorsitzender) Hamburger Hafen und Logistik AG | Arno Schirmacher, Hamburger Hafen und Logistik AG |
| Mathias Dylewitz, HLG Hamburger Lasch GmbH & Co. KG | Jaana Kleinschmit von Lengefeld, ADM Hamburg Aktiengesellschaft |
| Dr. Cornelius Polter, EUROGATE Container Terminal Hamburg GmbH | Martin Pieper, Gesamthafenbetriebs-Gesellschaft m.b.H., Hamburg |
| Sven Gura, TransPack Stauerei und Ladungssicherung GmbH | Michael Beyer, Paul Grimm GmbH & Co. KG |
| Matthias Reichel, Unternehmensverband Hafen Hamburg e.V. | Ben David Thurnwald, Hansaport Hafenbetriebsges. mbH |
| Niedersachsen | |
| Janina Reuss, EVAG Emder Verkehrs und Automotive Gesellschaft mbH | Jörg Tuitjer, EVAG Emder Verkehrs und Automotive Gesellschaft mbH |
| Manuela Drews, J. MÜLLER SE | Martin Krahl, J. MÜLLER SE |
| Holger Bomm, EUROGATE Container Terminal Wilhelmshaven GmbH & Co. KG | Hauke Schneider, EUROGATE Container Terminal Wilhelmshaven GmbH & Co. KG |